El edificio data de la época de la Guerra Grande cuando el Gobierno del Cerrito encabezado por Manuel Oribe proyectó en la Villa de la Restauración (actual Unión) un Colegio Nacional de Estudios Universitarios, en terrenos donados por el empresario y terrateniente Tomás Basáñez.
Las obras culminaron en 1850, inaugurándose allí una escuela de jurisprudencia y práctica forense, en un edificio de carácter majestuoso para la época, en especial por las vistas que se podían obtener desde su mirador. Un año después, al término de la guerra, la construcción fue desalojada y convertida en cárcel, hasta que en 1860 el entonces presidente Bernardo Berro inaugura allí el Asilo de Mendigos. Ya en 1870, durante la “Revolución de las lanzas”, el sitio pasó a ser utilizado por los revolucionarios de Timoteo Aparicio como hospital, para retomar sus funciones de asilo al volver los tiempos de paz.
Será recién en 1922 que el edificio tome el nombre de ¨Hospital Pasteur¨, coincidiendo con el centenario del nacimiento del científico francés Louis Pasteur y con el traslado de sus habitantes al Asilo Piñeyro del Campo, recién construido en un predio cercano. La inauguración oficial fue un año después, en 1923, instalándose allí un busto de Pasteur en presencia del presidente de ese momento, José Serrato
Actualmente el hospital funciona también como clínica universitaria, donde estudiantes de la carrera de Medicina realizan sus prácticas y residencias.